热带海洋生态与蓝碳中心围绕气候变化和人类活动影响下的南海典型海洋生态系统及其环境的变化趋势、机理、修复与治理等科学问题和关键技术开展系统研究，为国家生态文明试验区（海南）建设和南海碳中和等提供科技支撑。

（1）热带海洋生态团队：重点研究红树林、珊瑚礁、海草床三大典型生态系统及其环境问题，研发观/监测、修复和治理技术。

（2）蓝碳团队：重点研究南海和海岸带碳汇格局、过程机制、演化趋势及固碳潜力，研发热带海洋和海岸带固碳増汇技术方法与治理模式。